О начале издания «Толковой Библии» было объявлено в октябрьском номере «Странника» за 1903 год. Сам Александр Павлович успел подготовить лишь комментарий на Пятикнижие Моисеево, составивший первый том «Толковой Библии». Начиная с исторических книг Ветхого Завета Библии (книги Иисуса Навина, Судей, Руфь, книги Царств) работу взяли на себя выдающиеся русские библеисты профессор Киевской Духовной Академии священник Александр Александрович Глаголев (книга Руфь, 3 и 4 книги Царств, 2 книга Паралипоменон, книга Товит, Псалтирь, книга Притчей Соломоновых, Песнь Песней, книги пророков Наума, Аввакума, Софонии, Аггея, книга Деяний Апостолов, Послание Иакова, 1 и 2 Послание Петра, 1-3 Послания Иоанна Богослова, Послание апостола Иуды), профессор Санкт-Петербургской Духовной Академии Федор Герасимович Елеонский (книга Иисуса Навина), профессор Казанской Духовной Академии Василий Иванович Протопопов (1 и 2 книги Царств), профессор Санкт-Петербургской Духовной Академии Иван Гаврилович Троицкий (книга Судей), профессор архимандрит (впоследствии епископ) Иосиф (книга Иудифь, книга Есфирь, 1-3 книги Маккавейские), магистр богословия священник Александр Васильевич Петровский (1 книга Паралипоменон, книга Иова, книга пророка Даниила), профессор Киевской Духовной Академии Владимир Петрович Рыбинский (1 и 2 книга Ездры, книга Неемии, книги пророков Осии, Иоиля, Амоса, Авдия, Михея), профессор Василий Никанорович Мышцын (книга Екклезиаста), профессор Московской Академии Александр Иванович Покровский (книга Премудрости Иисуса, сына Сирахова, книга пророка Исайи), профессор Киевской Духовной Академии Михаил Николаевич Скабалланович (книга пророка Иезикииля), преподаватель Московской Духовной Семинарии Николай Петрович Розанов (книга пророка Иеремии, Плач Иеремии, Послание Иеремии, книги пророков Варуха и Мала-хии, Евангелия от Марка, Луки и Иоанна, Послание Павла к Римлянам, 1 и 2 Послание Павла к Коринфянам, Послание к Га-латам, Послание к Ефесянам, Послание к Филиппинцам, Послание к Колоссянам, 1 и 2 Послание Павла к Тимофею, Послание к Титу, Послание к Филимону), преподаватель Санкт-Петербургской Семинарии Павел Смарагдович Тычинин (книга Премудрости Соломона, книга пророка Ионы), священник Дмитрий Рождественский (книга пророка Захарии), Н. Аболенский (3 книга Ездры), священник Михаил Фивейский (Евангелие от Матфея), К.Н. Фаминский (1 и 2 послание Павла к Фессалоникийцам), протоиерей Николай Орлов (Послание к Евреям, Откровение Иоанна Богослова). Продолженное преемниками А.П. Лопухина издание «Толковой Библии» завершилось в 1913 году. В течение десяти лет было издано двенадцать томов, последовательно предлагавших читателю комментарии и толкование библейских текстов на все книги Ветхого и Нового Завета.